導致食物腐壞的因素非常多，微生物便是其中原因之一，一般來說食物處理或儲存不當，微生物便會增生，因此微生物指數是一項監督食品安全的指標之一，因此，衛生福利部針對食品、飲料、冰類、冰塊依其製程不同，分別訂有不同的食品衛生標準。
指標菌 (indicator bacteria)
而這些特定指標菌能作為是否合乎衛生要求之指標，最常被台灣檢驗的項目主要包含了總生菌數、大腸桿菌、大腸桿菌群等…。
總生菌數
一般食品中總生菌數的菌量與食品受細菌汙染的程度息息相關，此數值的高低可以做為食品衛生狀況的依據，生菌數檢測是一種檢測食品中微生物數量的方法，生菌數是指食品中所有微生物的總數，包括細菌、真菌、藻類等。生菌數檢測可以用來評估食品的衛生狀況，並預測食品的安全性，。
大腸桿菌（E. coli）
大腸桿菌棲息於人畜之大腸內，若在食品中發現，表示食品受到糞便污染，它的存在比大腸桿菌群更能表示有腸內病原菌之危害。大腸桿菌在加熱後即死亡，故加工後之禽畜肉，如仍檢出大腸桿菌，表示熱處理不當，或加熱後受到污染。為防止消費者食用到受糞便污染食品，衛福部對大部份食品都訂有大腸桿菌不得檢出的規格標準。
大腸桿菌群（Coliform）
衛生指標菌(大腸桿菌群、大腸桿菌、總生菌數)如超過標準，雖不致於影響身體健康直接致病，卻足以顯示該產品衛生狀態不良，常被用來作為監測食品是否遭受污染，或是製程有無衛生缺失的重要指標之一，可能是工作人員的個人衛生狀況不佳，或食材在常溫保存時提供微生物繁殖最佳環境而造成，以及在製作過程當中的衛生狀況、食材新鮮、器具衛生、包裝生產過程中可能遭受污染，因此消費者選用一般食品或飲冰品時，應注意販售業者環境是否清潔衛生、工作人員衛生習慣是否良好，選購有包裝且標示清楚之產品，以保障個人健康安全。
延伸閱讀：O157 型大腸桿菌 (E. coli O157:H7) 之介紹和檢驗
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