近期為加強台灣食品衛生安全中有關微生物之管理，以及整併｢一般食品衛生標準｣中微生物檢出之相關標準，衛生福利部參考國際管理趨勢，風險性評估、國內各界需求及意見，於 109年 10月 6日發布訂定「食品中微生物衛生標準」，並將於 110年 7月 1日起實施。
｢食品中微生物衛生標準｣歷經兩次預告，本次公告內容更動 1.6 及 2.5 項罐頭食品之檢測規範、針對乾酪(Cheeses)之大腸桿菌檢驗及新增無須檢測李斯特菌之即食食品條件等項目。
針對該標準內所規範之食品類別，提供衛生機關查核及自主管理抽驗之項目及評定標準，食品業者應事先了解標準規範，並提前進行預防性之風險分析管理。
「一般食品衛生標準」新舊草案修正與新增項目說明
- 保久乳、保久調味乳、保久乳飲品、煉乳及其他供直接食用之嬰兒罐頭食品(1.6、2.5項)無需進行採樣計畫檢測。
- 乾酪(Cheese)可適用大腸桿菌之檢測項目。
- 重新定義｢加熱煮熟｣不再依產品中心溫度達75℃為標準。
- 新增符合｢不易導致李斯特菌生長之即食食品｣條件：
-
- pH值低於4.4。
- 水活性低於0.92。
- 同時符合pH低於5.0和水活性低於0.94的產品。
- 添加可抑制李斯特菌生長之抑制劑，且可提出相關科學證據。
食品中微生物衛生標準重點說明
區分七大類受標準規範食品類別
本次整併各個一般食品衛生標準中有關微生物檢出之管理規範，並針對食品微生物及其毒素或代謝物，但不包括真菌及其毒素，新標準所訂七大類及各現行衛生標準規範名稱比對綜整如下：
| 序 | 現行規範名稱 | ｢食品中微生物衛生標準｣類別 |
|---|---|---|
| 1 | 乳品類衛生標準 | 乳及乳製品類 |
| 2 | 嬰兒食品類微生物衛生標準 | 嬰兒食品類 （係指專門提供12個月以下嬰兒食用之食品） |
| 3 | 生食用食品類衛生標準、 生熟食混合即食食品類衛生標準 | 生鮮即食食品及生熟食混和即食食品類 |
| 4 | 包裝飲用水及盛裝飲用水衛生標準、 飲料類衛生標準 | 包裝 / 盛裝飲用水及飲料類 |
| 5 | 冷凍食品類微生物衛生標準、 冰類衛生標準 | 冷凍食品及冰類 |
| 6 | 一般食品衛生標準、 罐頭食品類衛生標準 | 其他即食食品類 |
| 7 | 液蛋衛生標準 | 液蛋類 |
新增部分指標病原菌(如沙門氏菌、腸炎弧菌、金黃色葡萄球菌等)之檢測標準，並以腸桿菌科(Enterobacteriaceae)取代如大腸桿菌群(Coliform)等傳統衛生指標菌，藉以擴大腸內菌群之監測對象，使相關衛生監測更具風險代表性。
參採國際管理趨勢，部分食品類別導入採樣計畫。
微生物採樣計畫 (sampling plan) 可參考「食品中微生物採樣計畫及原則指引」。
各產品類別新增或修訂微生物檢測標準綜整如下：
食品微生物檢驗結果判定說明
｢採樣計畫｣及｢限量｣代號意義：
- 在n個樣品中，允許有≦c個樣品之衛生物檢驗值介於m和M之間，但不得有任何一個樣品之檢驗值>M。
- ｢m=M」之情形下，任何一個樣品之檢驗值均不得>m或M
- 產品需合乎該類別判定標準中所有列舉之衛生物檢測標準。
食品中微生物採樣計畫檢驗結果範例
範例 1、在 n 個樣品中，允許有 ≦ c 個樣品之微生物檢驗值介於 m 和 M 之間，但不得有任何一個樣品之檢驗值 >M。
以乾酪、奶油及乳脂為例，檢測大腸桿菌，同一產品中須採樣 5 件 (n=5)，允許其中 2 件以下 (c=2) 樣品之大腸桿菌數檢驗值介於 m 於 M 之間，但不得有任何一個樣品之檢驗值 > 100 MPN/g(mL) (M：最大安全限量) 。
10 MPN/g(mL) < 採樣5件，可接受2件檢測結果介於10~100 MPN/g(mL) <100 MPN/g(mL)。 只要1件檢測結果 > 100 MPN/g(mL)，則為不合格。
範例 2、「m=M」，任何一個樣品之檢驗值均不得 > m 或 M 。
以乾酪、奶油及乳脂為例，檢測沙門氏菌，同一產品中須採樣 5 件 (n=5)，不允許檢出沙門氏菌 (c=0)。
範例 3、「m=M」，任何一個樣品之檢驗值均不得 > m 或 M 。
以鮮奶、調味乳及乳飲品為例，檢測腸桿菌科，同一產品中須採樣 5 件 (n=5)，每件檢驗結果 (c=0) 不得 > 10 CFU/mL(g) 。